"PubGene" er namnet på verktøyet som nå lanserast av forskarar ved NTNU og Det Norske Radiumhospital. "PubGene" gir tilgang til publiserte biologiske relasjonar mellom menneskelege arveanlegg (gen). Dette verktøyet er interessant fordi det utnyttar informasjon frå den samla vitenskapelege litteraturen til å gi ei framstilling av gen som fungerer sammen i store, komplekse nettverk. Verktøyet er gjort tilgjengeleg for alle på Internett på http://www.pubgene.org/.

Datagrunnlaget for PubGene er over 10 millionar artiklar i litteraturdatabasen "Medline". Her ligg enorme mengder informasjon om genene, men informasjonen er spreidd og vanskeleg tilgjengeleg i ein uordna flom av forskingsresultat. PubGene ordnar denne flommen.

PubGene peikar ut sammenhengar mellom gen i eit nettverk når genene er nemnde i samme vitenskapelege artikkel. Det viser seg at denne sammenhengen med relativ høg presisjon avspeglar biologiske relasjonar mellom genene. Forskarar som brukar verktøyet kan i tillegg innhente eit ekstrakt av biologisk informasjon om dei aktuelle genene frå den samla vitenskapelege litteraturen og frå andre aktuelle databasar. Verktøyet er også eit hjelpemiddel for biologisk tolking av gen-analysar frå celler og vev.

Resultatet av dette samarbeidsprosjektet mellom NTNU og Radiumhospitalet blir publisert 1. mai i det prestisjetunge tidsskriftet Nature Genetics.

Datavitenskapelege metodar for å hente ut biologisk informasjon om gen frå ulike kunnskapsdatabasar vil spela ein viktig rolle innanfor fagfeltet funksjonell genomforsking. Dette fagfeltet har som mål å finne funksjonen til alle genene i den menneskelege arvemassen (genomet). Vi kjenner i dag funksjonen for 6 - 7.000 gen. Det komplette kartet for den menneskelege arvemassen vart nyleg offentliggjort og viste at vi har ca 35.000 ulike gen.

Genene inneheld koden for alle proteina i kroppen vår, og dannar grunnlaget for kroppen si evne til å fungere i samspel med miljøet. Kunnskap om funksjonen til alle genene og proteina vil opne for ny innsikt i grunnleggande biologi, og vil også danne grunnlag for ny og betre sjukdomsdiagnostikk og - behandling.

Funksjonell genomforskning er derfor i ferd med å bli eit av dei internasjonalt viktigaste satsingsområda innanfor biomedisinsk forsking. Det har blitt meir og meir klart at funksjonen til genene berre kan oppklarast gjennom at vi skaffar oss innsikt i samspelet mellom dei. Desse gen-nettverka er svært omfattande og komplekse. PubGene gjer det muleg å innhente eksisterande informasjon om genene og lettar bruken av denne informasjonen i utforming av vidare forskingsstrategiar. Verktøyet vil derfor kunna gi vesentlege bidrag til funksjonell genomforsking.

Forskingsresultatet er eit eksempel på eit fruktbart samarbeid mellom datavitenskap og biomedisin der desse to fagområda i samarbeid får fram ny kunnskap innanfor biomedisin samtidig som det stimulerer utviklinga av nye datavitenskapelege metodar. Styrken i tverrfagleg samarbeid kjem her til sin rett ved at kompetansen innanfor grunnleggande datavitenskap blir brukt til å løyse komplekse problem innanfor biomedisin.

Hovudidégivaren til metoden er Dr. philos. Eivind Hovig ved Radiumhospitalet. Verktøyet PubGene er utvikla av siv.ing. Tor-Kristian Jenssen som er doktorgradskandidat ved datateknikk, NTNU. Øvrige bidragsytarar under utforming av PubGene er førsteamanuensis Astrid Lægreid ved det medisinske fakultetet, NTNU og professor Jan Komorowski ved datateknikk, NTNU.

Kontaktpersonar for meir informasjon:

Siv.ing. Tor-Kristian Jenssen, Institutt for datateknikk og informasjonsvitenskap, Fakultet for fysikk, informatikk og matematikk, NTNU. Tlf 73 59 36 76, e-post tor-kristian.jenssen@idi.ntnu.no

Førsteamanuensis Astrid Lægreid, Institutt for fysiologi og biomedisinsk teknikk, Det medisinske fakultet, NTNU. Tl. 73 59 86 16, e-post astrid.lagreid@medisin.ntnu.no

Professor Jan Komorowski, Institutt for datateknikk og informasjonsvitenskap, Fakultet for fysikk, informatikk og matematikk, NTNU. Tlf 73 59 45 67, e-post jan.komorowski@idi.ntnu.no

Dr. philos Eivind Hovig, Tumorbiologisk avdeling, Det norske Radiumhospital. Tlf 22 93 54 16, e-post ehovig@labmed.uio.no